Analisis Pembentukan Struktur Sekunder dan Tersier Pada Protein

STRUKTUR SEKUNDER
            Struktur sekunder pada protein membentuk suatu lipatan akibat adanya kekuatan tarik menarik antar-asam amino yang menyebabkan bentuk struktur sekunder pada protein berbentuk spiral atau juga bentuk pita. Lipatan yang terbentuk di struktur sekunder protein distablisasikan oleh ikatan hidrogen diantara kelompok amina dan kelompok karboksil. Alpha helix  dan beta  sheet merupakan bentuk utama yang dimiliki oleh struktur sekunder protein. Gambar dibawah menggambarkan bentuk dari struktur sekunder protein alpha helix dengan bentuk spiralnya dan beta sheet yang memiliki bentuk pita pipih.

            Alpha helix ialah sebuah struktur protein yang bentuknya helikal yang biasa disebut  spiral. Proses pembentukan strukturnya, kelompok karboksil dan juga kelompok amina berorientasi tegak lurus dengan porosnya. Setiap bagian karboksil maupun bagian amina  saling terikat satu dengan yang lain dengan ikatan hidrogen yang mengakibatkan pembentukan spiral.
             Sedangkan untuk struktur beta sheet memiliki perbedaan dengan struktur alpha helix. Struktur pada beta sheet ini, rantai polipeptida terlipat secara terbalik di setiap sisinya sehingga terbentuklah struktur yang lebih kaku. Struktur beta sheet ini terdapat ikatan polipeptida antara kelompok karbonil dengan kelompok amina yang distabilisasi oleh ikatan hidrogen. Hal yang serupa juga terjadi pada alpha helix.
            Alpha helix ialah dimensi protein dalam bentuk koil sedang beta sheet dimensinya berbentuk lembaran.
STRUKTUR TERSIER
            Terdapat struktur tersier dari protein yang mana strukturnya digambarkan dengan struktur tiga dimensi yang dibentuk akibat lipatan dan putaran dari ikatan polipeptida. Struktur tersier ini dapat dihasilkan oleh berbagai macam struktur sekunder protein. Bagian bentuk-bentuk sekunder yang menyusun ini dihubungkan oleh suatu ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan ikatan disulfida.

            Struktur tersier protein ini menunjukkan daerah dari struktur sekunder protein yang mana terjadi lipatan dalam bentuk 3D pada rantai polipeptida yang didalamnya termasuk coil, alpha helix, dan beta sheet.  Struktur tersier terbentuk dari backbone polipeptida pada suatu sekuens.
           
Permasalahan
1. Mengapa pada struktur sekunder dari protein beta sheet perlu di stabilisasi oleh ikatan hidrogen? Tolong jelaskan
2. Tolong jelaskan maksud dari “dimensi protein dalam bentuk koil”?
3. Tolong jelaskan apa yang dimaksud dengan interaksi hidrofobik dalam struktur tersier dari protein?
4. Tolong jelaskan ikatan disulfida yang bagaimana yang dapat membentuk struktur tersier dari protein?

Komentar

  1. Unknown08.43

    saya akan menjawab soal nomor 3
    Ikatan hidrofobik terjadi antara ikatan-ikatan nonpolar dari molekul-molekul, sedang ikatan-ikatan garam tidak begitu penting peranannya terhadap struktur tersier molekul. Ikatan garam mempunyai kecenderungan bereaksi dengan ion-ion di sekitar molekul.
    Interaksi hidrofobik memberikan kontiribusi yang besar terhadap kestabilan struktur protein. Interaksi hidrofobik ini merupakan kekuatan utama yang menyebabkan pelipatan molekul protein. Interaksi hidrofobik merupakan ikatan antara gugus –R dengan senyawa nonpolar. Salah satu contohnya adalah perputaran β-α-β yang membentuk 2 lapisan 2) Ketika mereka bergabung dalam protein α heliks dan β sheet memiliki struktur lapisan yang berbeda. Hal ini dikarenakan kekuatan polipeptida dalam konformasi βtidak dapat membentuk ikatan hydrogen menjadi3) Segmen-segmen dalam rantai asam amino saling berdekatan yang mengakibatkan adanya interaksi dan membentuk struktur tersier yang tidak wajar4) Interaksi antara elemen dalam struktur sekunder tidak dapat membentuk ikatan5) Konformasi β adala

    BalasHapus
  2. Randa19.30

    Assalamualaikum Wr. Wb. Saya akan membantu permasalahan Saudara Fauzan nomor 2.
    Secara umum, kurang dari setengah tulang punggung protein diatur dalam struktur sekunder yang ditentukan lembaran α-heliks atau β-lipit. Sebagian besar sisa protein, meskipun sangat teratur, bersifat nonrepetitif dan, karenanya, sulit untuk dijelaskan. Banyak dari fragmen polipeptida yang dipesan ini dikatakan berada dalam konformasi kumparan atau lingkaran.

    BalasHapus
  3. Jelpapo Putra Yanto21.20

    saya akan menjawab permasalahan nomor 4. Beberapa protein memiliki rantai polipeptida yang berbentuk linier gabungan asam amino yang sama, misalnya gabungan antara dua asam amino sistein menghasilkan rantai polipeptida sistin yang ikatannya disebut dengan ikatan disulfida.Sebagian protein ekstraseluler dapat membentuk ikatan disulfida (linier), sedangkan sebagian besar protein intraseluler sulit dalam membentuk ikatan disulfida. Jarang sekali ikatan disulfida terbentuk pada rantai samping protein. Seperti, serat kolagen yang dapat menyambung suatu jaringan dengan lebih kuat berupa gumpalan darah (fibrin)

    BalasHapus
  4. Unknown23.59

    Assalamualaikum Fauzan saya akan mencoba menjawab no 1
    Karena Struktur pada beta sheet ini, rantai polipeptida terlipat secara terbalik di setiap sisinya sehingga terbentuklah struktur yang lebih kaku. Struktur beta sheet ini terdapat ikatan polipeptida antara kelompok karbonil dengan kelompok amina

    BalasHapus

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Gambar
Pembentukan Disakarida dan polisakarida A. Disakarida              Disakarida diartikan sebagai dua unit monosakarida bergabung menjadi satu. Jika suatu disakarida di hidrolisis oleh suatu asam atau enzim maka akan dihasilkan dua molekul monosakarida. Disakarida antara lain maltosa, laktosa, sukrosa dan selulosa. a.         Maltosa              Pada maltosa diatas, unit monosakarida yang terletak di kiri awal-awal berbentuk hemiasetal, setelah terjadi reaksi dengan gugus hidroksil pada C-4 dari bagian kedua maka unit sebelah kiri itu dihasilkan suatu asetal. Ikatan antara keduanya tersebut berkonfigurasi α. Bagian glukosa yang terletak disebelah kanan ialah hemiasetal dalam bentuk α-nya. Hemiasetal pada saat kesetimbangan dalam bentuk rantai yang terbuka dan dapat mengalami oksidasi dengan Cu² ⁺ (aq). Maltosa ialah suatu gula pereduksi, namun pada bagian glukosa sebelah kiri berbentuk asetal sepenuhnya, dan tidak mengalamioksidasi oleh Cu² ⁺ (aq). Maltosa bisa didapatkan dari
Baca selengkapnya
Gambar
Beberapa Monosakarida dan penentuan stereokimia             Salah satu polimer alami yang ada adalah karbohidrat. Karbohidrat merujuk pada kata karbon (C) dan hidrat yang memiliki makna air (H 2 O). Sehingga karbohidrat akan terjadi pemisahan jika mengalami pemanasan yakni menjadi karbon (C) dan air (H 2 O). Karbohidrat dapat dibagi menjadi 3 yakni monosakarid, oligosakarida, dan polisakarida.             Monosakarida yakni adalah karbohidrat yang paling sederhana yang hanya terdiri dari satu unit sakarida. Atau dapat dikatakan sakarida yang paling sederhana sehingga tidak mampu mengalami proses hidrolisis untuk dihasilkan molekul lagi. a. Pembagian Monosakarida       Monosakarida mampu dibedakan berdasarkan gugus karbonil yang dimilikinya. Monosakarida yang mengandung gugus aldehid – COH disebut dengan aldosa,   sedangkan ketosa –CO– merupakan monosakarida mengandung gugus keton. Jika dilihat dari jumlah atom karbon yang dimilikinya monosakarida dapat pula dibedakan menj
Baca selengkapnya
Gambar
REAKSI-REAKSI SPESIFIK PADA NUKLEOTIDA             Nukleotida ialah monomer asam nukleat (building block) yang dalam metabolisme seluler mempunyai banyak fungsi. Nukleotida juga berfungsi sebagai tempat informasi ginetik. Terdapat dua jenis asam nukleat yakni asamdeoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).             Nukleotida mempunyai beberapa fungsi. Yang pertama, nukleotida mempunyai fungsi sebagai sumber energi dalam bentuk bahan kimia. Ini merupakan ATP atau adenosin trifosfat juga CAM siklik adenosin monofosfat. selanjutnya, nukleotida digunakan sebagai sel sinyal melalui CGM siklik guanosin monofosfat dan CAM. Selain itu, nukleotida digunakan sebagai kofaktor dari reaksi enzim antara lain seperti flavin mononukleotida, koenzim-A, flavin adenin dinukleotida.             Terdapat 3 karakteritik komponen dari nukleotida yaitu basa nitrogen heterosiklik, gula pentosa dan gugus fosfat. Molekul dari nukleotida yang j
Baca selengkapnya